Czynności sprawdzajace, kontrole podatkowe i kontrole celno skarbowe po wdrożeniu KSEF, JPK CIT, JPK PIT, JPK ST

Wraz z digitalizacją rozliczeń podatkowych oraz obowiązkowym KSeF, a także nowymi strukturami JPK CIT, JPK PIT i JPK ST, zmieni się zarówno sposób prowadzenia kontroli, jak i zakres odpowiedzialności podatników. Organy będą dysponować pełnymi danymi transakcyjnymi w czasie rzeczywistym, co radykalnie odmieni charakter czynności sprawdzających i kontroli – od modelu „wizyty w firmie” do modelu ciągłego nadzoru i automatycznej analityki ryzyka.

Warsztat ma charakter ekspercki i jest skierowany do biur rachunkowych, księgowych, właścicieli firm oraz osób odpowiedzialnych za zgodność podatkową. Uczestnicy dowiedzą się, jak działać w nowej rzeczywistości post-2026, aby ograniczać ryzyka, odpowiednio reagować na działania organów oraz budować procedury, które zabezpieczają firmę.

Cele warsztatu

• Zrozumienie, jak po 2026 roku zmieni się krajobraz kontroli podatkowych i skarbowych.
•  Poznanie praw i obowiązków podatnika na każdym etapie weryfikacji prowadzonej przez urząd.
•  Rozpoznanie najczęstszych błędów popełnianych zarówno przez podatników, jak i organy.
•  Umiejętność przygotowania firmy na kontrolę w świecie pełnej cyfryzacji dokumentów.
• Zdobycie praktycznej wiedzy, jak reagować na wezwania, zapytania i czynności sprawdzające po wejściu KSeF i nowych struktur JPK.

Program warsztatu

1. Charakterystyka poszczególnych typów kontroli po wdrożeniu KSeF i nowych struktur JPK

Nowy ekosystem cyfrowy zmienia sposób działania organów podatkowych. W module omawiamy:

Czynności sprawdzające

• Zautomatyzowane analizy danych porównawczych (KSeF → JPK → STIR → bazy ryzyka)
•  Algorytmy wyłapujące niezgodności: stawki VAT, daty, NIP, MPP, metadane
•  Wezwania i żądania uzupełnień – jakich dokumentów najczęściej oczekuje urząd
•  Weryfikacja „na odległość” bez udziału podatnika

Kontrola podatkowa

• Różnice między czynnościami sprawdzającymi a kontrolą podatkową
•  Kiedy urząd przechodzi w tryb kontroli?
• Nowy model kontroli oparty na danych z KSeF i JPK CIT/PIT
•  Zakres kontroli: CIT, PIT, VAT, koszty, ulgi, KUP, rozliczenia pracownicze
• Dokumenty i wyjaśnienia, których organy będą wymagały po 2026

Kontrola celno-skarbowa (KCS)

• Najbardziej narzędziowy i najszerszy rodzaj kontroli
•  Uprawnienia KAS w zakresie wglądu w dane KSeF i JPK
•  Kontrola krzyżowa i analiza ciągów dostaw
• Ryzyka dla branż wrażliwych: transport, budowlanka, handel internetowy
• Zabezpieczenia majątkowe i środki przymusu

2. Prawa i obowiązki podatników – praktyczne omówienie

Uczestnicy poznają najważniejsze regulacje, w tym:

• Prawo do informacji o zakresie czynności i żądanych danych
•  Prawo do zachowania terminu i czasu na odpowiedź
•  Prawo do ustanowienia pełnomocnika
•  Prawo do wglądu w akta i dokumenty
•  Prawo do wniesienia zastrzeżeń i odwołań
•  Obowiązki dostarczania danych w formacie elektronicznym
•  Obowiązki wynikające z KSeF, JPK CIT/PIT i JPK ST
•  Obowiązek współdziałania z organem (w praktyce – gdzie kończy się „współdziałanie”, a zaczyna ochrona interesu podatnika)
•  Odpowiedzialność karno-skarbowa związana z nieprawidłowościami w KSeF i JPK

W module omawiamy również, jak komunikować się z organem, jakich błędów unikać oraz jak prowadzić korespondencję, aby nie pogarszać sytuacji podatnika.

3. Najczęściej popełniane błędy – podatników i organów

Najczęstsze błędy podatników:

• Nieprawidłowe dane w fakturach KSeF (metadane, daty, numer KSeF)
•  Brak spójności danych między KSeF a JPK (różne daty, kwoty, kontrahenci)
•  Nieuwzględnienie dokumentów odrzuconych lub roboczych
•  Błędne korekty in minus i in plus
•  Brak procedury obiegu dokumentów
•  Opóźnienia w dostarczaniu dokumentów na wezwanie
• Nieprowadzenie rejestru dokumentów wychodzących i przychodzących
•  Chaotyczna komunikacja z organem
• Brak dokumentacji należytej staranności
• Zbyt szybkie udzielanie wyjaśnień bez analizy ryzyka

Najczęstsze błędy organów podatkowych:

• Żądanie dokumentów, które urząd posiada w KSeF
•  Niewłaściwe stosowanie terminów
• Nakładanie obowiązków wykraczających poza zakres kontroli
•  Dowolna interpretacja metadanych KSeF
•  Pomijanie wyjaśnień podatnika
•  Brak pisemnych potwierdzeń ustaleń
•  Niezgodność protokołów z rzeczywistym przebiegiem kontroli
• Wykorzystywanie czynności sprawdzających jako „mini kontroli”

Uczestnicy uczą się, jak reagować, kiedy organ popełnia błąd – profesjonalnie, skutecznie i w granicach prawa.

4. Rola czynności sprawdzających i kontroli w nowej rzeczywistości po 2026 roku

Po pełnym wdrożeniu KSeF oraz obowiązków JPK CIT/PIT/JPK ST:

• Kontrole staną się częstsze, ale krótsze – większość danych urząd pozyska automatycznie.
•  Większość weryfikacji będzie odbywać się zdalnie, na podstawie danych z KSeF.
•  Czynności sprawdzające staną się podstawowym narzędziem wykrywania błędów.

Kontrole podatkowe będą dotyczyć przede wszystkim obszarów o podwyższonym ryzyku, np.:

• kosztów podatkowych,
• rozliczeń majątku,
• cen transferowych,
• rozliczeń branż tzw. wrażliwych,
• dokumentów niezgodnych z KSeF.

Biura rachunkowe staną się pierwszą linią obrony przed błędami podatnika.
• Każda firma będzie musiała wdrożyć procedury kontrolne oparte na danych cyfrowych.
• Rola „księgowego” przesunie się w kierunku analityka ryzyka podatkowego.

W module omawiamy również, jakie obszary będą szczególnie kontrolowane przez organy na podstawie nowych danych strukturalnych.

Dla kogo jest ten warsztat?

• Biura rachunkowe i działy księgowe
•  Właściciele firm
•  CFO, dyrektorzy finansowi, główni księgowi
•  Osoby odpowiedzialne za zgodność podatkową i komunikację z urzędami
•  Liderzy zespołów księgowych
•  Konsultanci i doradcy podatkowi

Uczestnik otrzymuje:

• Listę kontrolną „Jak przygotować się do kontroli po 2026 roku”
• Wzór komunikacji z organem podatkowym
•  Checklistę najczęstszych błędów i ich konsekwencji
•  Instrukcję reagowania na wezwania i żądania organów
•  Scenariusze kontrolne po 2026 r.
•  Notatnik z najważniejszymi prawami i obowiązkami podatnika
• Bonus: „Mapa ryzyk podatkowych w świecie KSeF i JPK”

Ekspertka:

Beata Małowiecka

Ekspertka z ponad 25-letnim doświadczeniem w rachunkowości, podatkach i doradztwie biznesowym. Założycielka Biura Rachunkowego BPM Consulting w Warszawie, wspierająca przedsiębiorstwa w budowaniu bezpiecznych i efektywnych procesów finansowych.

Łączy kompetencje księgowe i prawnicze zdobyte m.in. w SGH, ALK, Uczelni Łazarskiego i na UW z wieloletnim doświadczeniem zawodowym. Pracowała w międzynarodowych korporacjach, w przedsiębiorstwie realizującym zamówienia publiczne oraz w sektorze publicznym (Sąd Rejonowy, audyty i szkolenia dla JST).

Specjalizuje się w audytach wewnętrznych, tworzeniu procedur oraz szkoleniach dla biur rachunkowych i przedsiębiorców. Ceniona za praktyczne podejście i umiejętność jasnego tłumaczenia złożonych przepisów.

Anita Gołębiewska

Od ponad 20 lat rozwija karierę w branży księgowej. Jest twórczynią Ogólnopolskiej Sieci Certyfikowanych Biur Rachunkowych (OSCBR), która zrzesza ponad 3000 biur w całym kraju. Przez 6 lat pełniła funkcję Dyrektora Zarządzającego sieci, odpowiadając za jej dynamiczny rozwój, współpracę z partnerami strategicznymi oraz doskonałość operacyjną.

Doświadczenie zdobywała, prowadząc księgowość międzynarodowych korporacji oraz zarządzając zespołami liczącymi kilkadziesiąt osób. Współtworzyła takie projekty jak SuperKsięgowa S.A., CashDirector S.A. oraz wdrożenie usługi mOrganizer w mBanku.

Jest autorką programów edukacyjnych wspierających cyfrową transformację branży księgowej, m.in. Ogólnopolskich Cyfrowych Rewolucji Księgowych i Bądź Gotowy na KSeF – inicjatywy realizowanej pod patronatem Ministerstwa Finansów.

Nieustannie poszerza swoje kompetencje. W 2024 roku ukończyła studia podyplomowe Lider Innowacji w Akademii Leona Koźmińskiego, co pozwala jej skutecznie wdrażać nowoczesne rozwiązania w sektorze finansowo-księgowym.